清朝红旗，黄旗，蓝旗，白旗怎么来的？怎么区分？
优质回答：大体如是：
一、旗的来历
女真习惯，村庄中最富有经验也最勇猛的武士带领村民渔猎，头领称大箭。努尔哈赤起兵后寓兵于民，全民皆兵。借鉴大箭名称，基层部队首领称佐领。
1601年，努尔哈赤整编建立八旗制度，300士兵一牛录，头领佐领。5牛录一甲剌，首领参领。5甲剌一固山，固山就是旗，每旗编25牛录7500士兵。后期，各旗实力不定。
二、各旗起源
1、努尔哈赤1584年起兵，首设黑旗。到1589年，努尔哈赤另设红旗自将，黑旗交给弟弟舒尔哈齐。其后，努尔哈赤吞并女真最大的哈达部，设白旗，交长子褚英。
2、舒尔哈齐于1609年、褚英于1611年先后被杀，努尔哈赤1615年全面整编，原红旗分出正黄镶黄两旗，自将。白旗分出正白镶白正蓝三旗，黑旗分出正红镶红镶蓝三旗。
3、1624年，努尔哈赤始设蒙古八旗，1642年皇太极完成蒙古八旗与汉军八旗设置，各依附满洲八旗本色旗下。
4、1626年努尔哈赤死，此时八旗力量（只说满军）的具体分布是：
两黄旗65牛录，阿济格多尔衮多铎各分得15牛录，剩余20牛录为努尔哈赤亲兵，依据努尔哈赤早已定言为多铎所有。其中，多铎正黄，阿济格镶黄。多尔衮另赐一旗，大体为镶白，已调原旗主杜度（褚英之子）至两红旗代善的门下，但尚未公布镶白所属，努尔哈赤死。
两红旗51牛录，代善及其长子掌握。
正白旗25牛录，旗主皇太极。
镶白旗15牛录，原定多尔衮，皇太极吞并。
正蓝旗21牛录，旗主莽古尔泰。
镶蓝旗33牛录，旗主阿敏。
5、努尔哈赤过于宠爱阿巴亥及其三子，依据遗言将拥有80牛录（占合210牛录的38%），加上阿巴亥大妃地位，多尔衮大汗继承人，其余旗主怎么活？
四大贝勒：代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极
所以代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极迅速达成协议，逼迫阿巴亥离开，再伪造遗言推皇太极为继承人，四人共领国政。同时，逼迫阿巴亥殉葬（不论汉夷，从无正妻殉葬制度），由于阿巴亥三子年幼，无力对抗四大贝勒，阿巴亥在逼四人立誓后自杀。
6、皇太极虽然当了继承人，并公开吞并了镶白旗（各大贝勒看不起，镶白人少，战斗力也是最差），将两黄与两白旗色对换，但整体势力单薄，所以一直竭力拉拢阿济格三兄弟（65牛录）以维持政治平衡。
然而，皇太极依旧被迫公开承诺，即便宗亲犯罪追究，大汗也不能私自吞并兵马，必须交给原主旁支继承。阿敏（舒尔哈齐儿子）被处置后，镶蓝旗就交给其弟济尔哈朗。
后，皇太极逐步利用击败林丹汗，收服漠南漠北蒙古的机会坐稳大汗，在莽古尔泰及其弟德格类死后追究叛逆罪吞并正蓝旗，用两黄正蓝混编，豪格领正蓝旗并赠送8个牛录。
7、皇太极死亡，没有确定继承人。八旗势力一分为三，两黄正蓝为皇太极本系，合计117牛录，是第一大势力。多尔衮两白98牛录是第二势力。代善济尔哈朗三旗96牛录，旁观但偏向皇太极。最终妥协达成协议，豪格多尔衮均不能当继承人，皇太极幼子福临继位。多尔衮济尔哈朗辅政，此议符合八旗多数利益。
8、多尔衮掌握政权，晋摄政王把持权力，济尔哈朗边缘化。后多尔衮杀豪格吞并正蓝旗（以当年努尔哈赤遗言赐自己一旗为依据）。但其余五旗坚定支持福临，多尔衮没儿子，因此没有夺位。
9、1649年多尔衮死。福临掌握政权，大力清算多尔衮，驱逐多尔衮嗣子多尔博归宗多铎门下，吞并正白旗。自此两黄正白的上三旗制度形成，屯驻京畿、直隶、热河，护卫皇宫，下五旗分驻重点城市。
此后，康熙威权日重，派遣汉族大臣给议政王大臣会议降低等级，分配自己儿子至下五旗分领牛录，再派八旗将军领导驻防八旗，各旗主/王/贝勒/贝子/入八分公等贵族无力反抗。雍正再设旗务大臣架空旗主等人的民政权，八旗制度实质消亡，因此，乾隆最终撤销毫无意义的议政王/大臣会议。
其他网友观点这个比较细的问题就不是很清楚了，抱歉。
其他网友观点明万历二十一年（1601年）前后，努尔哈赤对牛录组织首次进行大规模改造与重建，参照女真人的猛安谋克制，规定300人为一牛录，5牛录为一甲喇，5甲喇为一固山，分别以牛录额真、甲喇额真、固山额真为首领，改编后的牛录被分别隶属于黄、白、红、蓝四旗，以纯色为辨。[3]
明万历四十三年（1615年），建州已经吞并除叶赫之外的所有女真部落，而且蒙古也多有归附。麾下牛录已有百倍于起兵之初的规模，努尔哈赤的军队已不下五六万人。因此，努尔哈赤于该年将红白黑三旗及所领牛录析设为八个旗：原红旗分为正黄、镶黄二旗；原白旗分为正白、镶白、正蓝三旗；原黑旗分为正红、镶红、镶蓝三旗。正四旗旗帜为纯色四方形，龙首朝后；镶四旗旗帜为五边形，黄、白、蓝三旗镶红边，红旗镶白边，龙首朝前。当时各旗的旗主分别是：正黄旗主和镶黄旗主努尔哈赤、正红旗主和镶红旗主代善、正白旗主皇太极、镶白旗主杜度、正蓝旗主莽古尔泰、镶蓝旗主阿敏。八旗建立自此始，亦即为满洲八旗的源起。
满洲（女真）社会实行八旗制度，丁壮战时皆兵，平时皆民，使其军队具有极强的战斗力